Se ne hanno memorie fin dal 1356; sembra che sia stata eretta ove si trovava l’abitazione della Beata Michelina, per volontà della Confraternita della stessa denominazione che ivi aveva sede.
La Beata Michelina Metelli, avendo fondato assieme al Beato Cecco nel 1347 la Confraternita dell’Annunziata, la dotò della propria casa, posta nel quartiere di S. Nicolò. Divenuta sede ufficiale nel 1360, cioè dopo la morte della Beata, lo stabile fu ristrutturato a chiesa, che fu rifabbricata nel secolo XVIII e adornata, per conto della Confraternita, nei primi decenni del ‘700 del bellissimo stucco rappresentante l’Annunciazione e l’Eterno Padre di Giuseppe Mazza (Bologna 1653-1741).

In essa era conservata la “Madonna del Popolo”, una bella immagine della B.V. molto amata e venerata dai pesaresi. Sciolta la Confraternita nel 1782 dal Vescovo Barsanti, la chiesa divenne proprietà della famiglia Mosca-Barzi, la quale la abbellì e adornò di affreschi, tra cui uno rappresenta la Beata Michelina che consegna la casa al Beato Cecco, e di due monumenti funerari.

La chiesa, con l’estinzione della famiglia Mosca, passò al Capitolo della Cattedrale che la cedette alla Fondazione Cassa di Risparmio di Pesaro a titolo gratuito con atto del 20 aprile 1998 del Vescovo Gaetano Michetti.