Di origine antichissima - se ne parla nel 1221 in un Praeceptum di Federico II redatto a favore del Monastero di Fonte Avellana -, venne dichiarata Parrocchia con la chiusura al culto della Chiesa di San Nicolò per motivi igienici. Nel '500 venne officiata dai frati Apostoliti che la ricostruirono dalle fondamenta attorno al 1590, a navata unica, coperta a capriate, con quattro altari laterali posti solo sul lato sinistro a partire dall'ingresso.
Quando gli Apostoliti furono costretti a lasciare la chiesa nel 1655, questa venne affidata nel 1659, su intervento del Cardinale A. Cybo, ai frati Filippini che risiedevano allora in una casa in via Posterma con un Oratorio che era divenuto un centro importante di spiritualità e attività culturali.
Hanno fatto parte della Congregazione tre personaggi di primo piano: Piermatteo Petrucci, poi vescovo e cardinale, Tommaso Baldassini, insigne storico jesino e P. Florido Grizi, fondatore del Monastero delle suore Carmelitane.
La chiesa cinquecentesca venne rifatta dai Filippini, i primi e quasi gli unici ad introdurre il Barocco nelle Marche, secondo un'architettura lineare e classicheggiante, a carattere decorativo di ascendenza berniniana, senza la forza dirompente di quella romana ma ricca di un senso di misurata ed elegante sobrietà e funzionale ad una spiritualità contemplativa che avrà anche esiti ritenuti non proprio ortodossi con l'accusa di "quietismo" che colpirà proprio il Cardinal Petrucci.
La prima Cappella ad essere sistemata fu quella di San Filippo opera dello stuccatore durantino Tommaso Amantini (1666), mentre lavori successivi di stuccatura della volta e delle altre Cappelle furono affidati all'architetto arceviese Flaminio Mannelli in seguito al licenziamento del primo per eccessive pretese finanziarie.
Nel 1671 Giuseppe da Monte San Vito termina la Cappella del Crocifisso dove realizza una tela e un paliotto, mentre negli anni successivi, il Cardinale Cybo farà arrivare da Roma l'altare di marmo per la Cappella maggiore e, poi, un dipinto di Giovanni Peruzzini, discepolo del Cantarini, raffigurante La Madonna con Bambino e SS. che venne collocato sopra l'altare maggiore nel 1688, "con grandissima soddisfazione per tutti".
Terminata la facciata in cotto della Chiesa, sulla quale venne ricollocato il bassorilievo in pietra della precedente, con il "Battesimo di Cristo" (sec. XVI), venne consacrata dal Cardinale Petrucci nel 1694. I Filippini vennero allontanati subito dopo, e la chiesa, fino al 1820 circa, divenne di proprietà del Seminario.
Attorno al 1830, Don Angelo Rastelli, chiamato ad officiarla, trasforma la Cappella della famiglia Ricci, dedicata a Santa Margherita, sostituendo i quadri che vi erano collocati - tra cui una tela con Santa Margherita di Piersimone Fanelli, oggi in deposito presso la Pinacoteca civica - con la preziosa icona del Sangue Giusto, affresco del 1333 attribuito a Pietro da Rimini e trasportato dalla Chiesa di San Nicolò con il trasferimento della Parrocchia.
La Chiesa è stata restaurata negli anni recenti e riportata sul piano architettonico e decorativo alle originali inflessioni barocche. All'interno si conservano, oltre a quelli segnalati, numerosi dipinti, busti, decorazioni, tra cui una tela di Gian Giacomo Duti, Noli me tangere del 1602, copia di un'opera di Federico Barocci del 1596 e conservata agli Uffizi; la sedia lignea appartenuta a San Filippo Neri, intagliata nel sec. XVII dall'urbinate A. Giardini; due leoncini in legno del sec. XIV e, inoltre, opere pittoriche di A. Massi, Antonino Sarti, degli Aquilini (una famiglia di pittori che va da Andrea da Jesi, che nasce attorno al 1490, fino ad Arcangelo junior che muore attorno al 1726) espressione di una realtà artistica jesina di cui non va sottovalutata l'importanza.
 

(Fonte: http://www.comune.jesi.an.it)